O comentário de Proclo sobre o Timeu aborda a passagem da desordem para a ordem, refutando a interpretação de Plutarco e Atticus que postulava um começo temporal para o mundo e uma matéria preexistente movida por uma alma malfaisante. Em concordância com Porfirio e Jamblico, Proclo defende que a narrativa de Platão é didática e que o mundo é eterno, pois assumir o contrário seria uma impiedade contra a vontade boniforme e a potência criadora de Deus, cuja ação demiúrgica deve ser perene.
A discussão sobre a origem da matéria levanta a questão de se ela é não gerada e independente, como queria Aristoteles, ou se possui uma causa superior. Proclus, apoiando-se na interpretação do Filebo de Platão, argumenta que Deus é a causa do limite e do ilimitado e, portanto, deve ter feito existir a matéria, que é o ilimitado em seu último grau, procedendo do Uno e da Ilimitação Primeira.
A doutrina de que a matéria deriva do princípio divino é confirmada por Proclus através de três autoridades: a exegese platônica, a teologia de Orfeu — onde o Ether e o Caos procedem do Tempo — e a tradição egípcia atribuída a Hermes. Segundo o relato de Jamblico sobre essa tradição hermética, Deus produziu a matéria a partir da sua própria substancialidade ou ousiotes, sendo a materialidade ou hylotes separada ou cindida por baixo.
Testemunhos pitagóricos corroboram a tese da derivação da matéria;
Eudoro, citado por Simplicio, afirma que o Uno é o princípio de todas as coisas, inclusive da matéria ou dyas aoristos, que se opõe ao Uno mas dele se origina. Os Memoráveis Pitagóricos registram igualmente que a díade indeterminada passa a existir a partir da mônada, atuando como matéria para a mônada que é a sua causa.
Moderatus de Gades fornece uma explicação técnica para esse processo, descrevendo como o Logos unificante ou heniaios logos privou-se de suas próprias formas e razões para segregar de si a quantidade ou posotes. Esta quantidade, descrita como informe e indivisa, corresponde exatamente à hylotes de Jamblico e à matéria hermética, tratando-se de uma pura possibilidade do múltiplo recortada da substância divina.
A cosmogonia do tratado hermético Poimandres reflete essa especulação pitagórica, especialmente no momento em que a Escuridão se forma “à parte” ou en merei da Luz primordial, tal como a matéria foi separada da substância de Deus em Moderatus e Jamblico. A compreensão desse mecanismo soluciona o problema da origem da Natureza úmida, que é dita provir da Vontade de Deus ou Boule Theou: sendo a Escuridão uma derivação da Luz (que é o Nous), a natureza do mundo possui sua raiz na própria divindade.
A natureza de Deus no Poimandres é descrita como arrenothelys (macho-e-fêmea), um conceito que encontra sua fundamentação filosófica na definição pitagórica da Mônada como sendo simultaneamente pai e mãe, ímpar e par, forma e matéria. A Mônada é capaz de gerar a díade porque contém em si a virtualidade de todos os números e a natureza de ambos os sexos de modo indiviso, sendo assimilada ao Caos primordial de Hesiodo onde tudo se encontra misturado e obscuro.
A atribuição da característica arrenothelys ao Princípio Supremo não necessita de uma explicação baseada em influências orientais, como sugerido por Norden, pois possui antecedentes gregos claros desde o verso órfico que declara “Zeus é macho, Zeus é ninfa” até a exegese estoica de Crisipo e Diogenes da Babilonia. Para os estoicos, Zeus é identificado com o mundo, sendo ao mesmo tempo a causa ativa (pai) e a matéria passiva (mãe) que recebe as sementes, o que justifica a nomenclatura de bissexualidade divina sem recurso a fontes estrangeiras.
A transcendência do Uno é o resultado inevitável dessas especulações gregas, seja através da via que postula a derivação da Díade a partir da Mônada, seja pela concepção da Mônada arrenothelys que unifica os opostos. A Mônada, atuando como princípio comum que precede a distinção entre limite e ilimitado, ou entre pai e mãe, situa-se num plano de anterioridade absoluta, uma doutrina que remonta às interpretações alegóricas de
Zenão e que dispensa a hipótese de uma origem oriental para a teologia de Filon ou do Hermetismo.